一、主要职责
（一）贯彻执行国家、自治区环境保护的方针、政策、法律、法规，对本辖区的环境保护工作实施统一监督管理；拟定本市的环境保护规划；组织拟定和监督实施本市的污染防治规划和生态保护规划；组织编写环境功能区划。
（二）负责监督管理大气、水体、噪声、土壤、固体废物、医疗废弃物、有毒化学品等方面的污染防治工作；参与电磁波以及辐射污染防治管理；监督管理国家禁止（或严格限制）建设的重污染项目名录和有机化学品优先控制名录。
（三）监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、生态环境建设和生态破坏恢复工作；负责农、林、牧区生态环境保护；负责组织实施本辖区的生态环境监测与监察工作。
（四）调查处理环境污染事故和生态破坏事件；协调解决本辖区的环境污染纠纷；负责环境监察工作和环境保护行政稽查；组织开展本市的环境保护执法检查活动。
（五）监督实施国家、自治区环境质量标准和污染物排放标准；审核城乡总体规划中有关环境保护的内容；组织编报全市环境质量报告书；定期发布城市环境质量状况；参与编制本市经济和社会发展规划。
（六）拟定和组织实施各项环境管理制度；按规定审批（核）本辖区开展建设项目环境影响报告书（表）、登记表和建设项目环境保护验收；指导城镇环境综合整治；指导生态示范区建设和生态农业建设。
（七）监督管理辖区环保产品、绿色食品和天然有机食品市场。
（八）管理环境监测、监察、统计、信息工作；监督执行环境监测各项制度、环境监察各项制度；组织指导环境质量监测和污染源监督性监测；组织指导和协调环境保护宣传教育工作；推动公众和非政府组织参与环境保护。
（九）承办辖区各部门落实环境保护目标责任制的检查、考核、验收工作。
（十）承办市人民政府交办的其他事项。
二、内设机构
根据上述职责，霍尔果斯市环境保护局设2个内设机构：
（一）办公室（政策法规）
协助局领导处理机关日常工作；负责党务和政务的综合协调工作；负责文电处理、秘书、档案、督查、督办、接待、保密工作；负责财务、机构编制、人事、退休干部、机关后勤等工作；负责全局干部培训工作和精神文明工作。承担环境保护行政复议、行政诉讼和应诉等工作；参与霍尔果斯市辖区重大环境违法案件及环境污染事故的调查处理工作；负责受理环境信访案件的查处工作。
（二）污染防治科（自然生态保护、环境影响评价、污染物总量控制）
负责实施废气、废水、废渣、粉尘、有毒化学品、持久性有机污染物、放射性、光污染、电磁辐射、噪声、振动以及机动车等污染防治的监督管理工作；负责城市环境综合整治定量考核；参与企业上市和上市企业再融资的环境保护核查工作；组织开展清洁生产强制性审核；承办全局安全生产工作。负责生态环境项目的申报工作和生态示范区的创建工作；指导农村环境保护和综合整治工作；承办农业、水利、水电、铁路、公路等规划环境影响评价的审查和此类项目环境影响文件的审查、审批，并负责其竣工环境保护验收。
承担辖区内项目环境影响评价综合管理工作；组织编制全市环境保护规划和环境功能区划；参与环保产业发展规划的有关工作和全市经济、社会发展规划中环境保护内容的编制。负责全市生态环境保护的综合管理；负责湿地保护、荒漠化防治、生物多样性保护。
负责总量控制和排污许可证综合管理工作；组织实施排污申报登记和排污许可证审批和发放工作；按照自治州总量控制目标提出全市总量控制计划；负责控制指标的分配及减排工作；承办新、改（扩）建项目总量核定、确认工作；负责环境统计和污染源普查工作。
